مرکز تحقیقات سرطان، نخستین مرکز تحقیقاتی پژوهشکده سرطان است که در انستیتو کانسر ایران با هدف توسعه تحقیقات سرطان در کشور شکل گرفت. این مرکز در سال ۱۳۸۳ به تصویب شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی رسید و موافقت اصولی خود را دریافت کرد و در سال ۱۳۸۵ موفق به اخذ موافقت قطعی از وزارت بهداشت شد.

مرکز تحقیقات سرطان در طول فعالیت خود در ابعاد مختلف تحقیقات سرطان نقش داشته و از مراکز اصلی شکل‌گیری و توسعه فعالیت‌های پژوهشی در پژوهشکده سرطان بوده است. در حال حاضر، پیشگیری و کنترل سرطان از اولویت‌های اصلی فعالیت‌های این مرکز به شمار می‌رود.