دکتری تخصصی پژوهشی (PhD by Research) یکی از مقاطع تحصیلی تکمیلی در آموزش عالی است که به اعطای مدرک دکتری تخصصی پژوهشی می‌انجامد. این دوره مجموعه‌ای هماهنگ از فعالیت‌های پژوهشی و آموزشی است که هدف از ایجاد آن تربیت پژوهشگران مسلط بر علوم مختلف، افزایش ارتباط بین علوم پایه و کاربردی با هدف ارتقای سلامت، ارتقای علمی مراکز تحقیقاتی و دانشگاه‌ها و احیای روحیه خودباوری پژوهشگران برای دستیابی به تازه‌های جهان دانش است.

محور اصلی فعالیت‌های دوره دکتری تخصصی پژوهشی، کسب دانش و مهارت از طریق پژوهش هدفمند و نوآوری در یک رشته خاص و برطرف کردن کاستی‌های آموزشی دانشجویان این دوره است.

دانشگاه علوم پزشکی تهران در قالب آیین‌نامه اجرایی برنامه دکتری تخصصی پژوهشی، مصوبه سی و هشتمین جلسه شورای عالی برنامه‌ریزی علوم پزشکی و با هدف جلوگیری از مهاجرت نیروهای مستعد علوم پزشکی ایران به خارج از کشور و کمک به پرورش پژوهشگران توانمند در این حوزه، اقدام به جذب و تربیت پزشکان علاقه‌مند به تحقیق و پژوهش کرده است.